Gminy mennonickie w Polsce w okresie międzywojennym nie tworzyły jednej organizacji. Okazją do wspólnego spotkania ich przedstawicieli była światowa konferencja mennonitów mająca miejsce w Gdańsku w dniach od 31 sierpnia do 3 września 1930.
W 1945 mennonici musieli opuścić tereny Żuław z powodu zbliżającej się Armii Czerwonej. Reszta tutejszej ludności została wysiedlona do Niemiec po włączeniu Żuław do Polski. Zalanie polderów oraz pozbawienie urządzeń hydrotechnicznych konserwacji i stałego nadzoru, spowodowało wyłączenie na wiele lat części Żuław z eksploatacji rolniczej.
Mennonici pozostawili po sobie w Polsce zadbane wioski, schludne chałupy, a także liczne cmentarze o fantazyjnych nagrobkach (można je zobaczyć m.in. w Stogach i Karwieńskich Błotach).
Na terenie Polski zachowały się dawne świątynie mennonickie, choć wszystkie z nich przestały służyć wiernym tego wyznania. Są to np.: dawny dom modlitwy w Elblągu kościół z Kaczynosu (obecnie w Elblągu) kościół przy ul.