Stanisławem Dobrskim, ale 9 czerwca został ponownie aresztowany przy ul. Koszykowej. Od dnia aresztowania był przez cały czas trzymany w siedzibie Gestapo w alei Szucha, a 17 stycznia 1943 zbiegł z transportu do obozu koncentracyjnego na Majdanku, z pociągu na odcinku między Otwockiem a Celestynowem.
W latach 1943–1945 był komendantem głównym Polskiej Armii Ludowej. Zgłosił się w styczniu 1945 do Ludowego Wojska Polskiego, w którym pozostawał początkowo w dyspozycji Naczelnego Dowództwa, a w lutym został przydzielony do sztabu 1 Armii. 9 marca 1945 został aresztowany i osadzony w więzieniu mokotowskim w Warszawie, gdzie przez wiele lat czekał na proces. Wyrokiem Sądu Wojewódzkiego dla m.st. Warszawy został w 1954 skazany na 15 lat więzienia, a Sąd Najwyższy 11 stycznia 1955 wyrok ten utrzymał w mocy. 5 maja 1956 zwolniony z więzienia, a wyrokiem Sądu Wojewódzkiego dla m.st. Warszawy z 2 czerwca 1958 został uniewinniony.