Rzeka opuszcza rozpoznaną część systemu w rejonie Mrtvego jezera i syfonów zamykających dalszą drogę. Jej podziemny przebieg pod płaskowyżem Kras jest dostępny jedynie w kilku głębokich jaskiniach i studniach krasowych, po czym wody wypływają około 34–35 km dalej w źródłach Timavy we Włoszech, w pobliżu wybrzeża Adriatyku.
Budowa systemu jaskiniowego
Jaskinie Szkocjańskie tworzą wielopoziomowy i rozgałęziony system, w którym wyróżnia się 11 połączonych struktur speleologicznych. Łączna długość rozpoznanych korytarzy wynosi około 6200 m, a najniższy dostępny punkt znajduje się 223 m poniżej powierzchni.
Główna część rzeczna nosi nazwę Šumeča jama. Reka płynie w niej szerokim podziemnym kanionem, którego ściany miejscami wznoszą się na ponad 100 m nad korytem. Wzdłuż kanionu znajdują się m.in. Müllerjeva dvorana, Svetinova dvorana i Hankejev kanal.
Największą przestrzenią podziemną jest Martelova dvorana. Ma około 300–308 m długości, do 120–123 m szerokości i maksymalnie 146 m wysokości ponad korytem rzeki. Jej objętość szacowana jest na 2,2 mln m³, a największy przekrój poprzeczny na około 12 tys. m².
W suchszych partiach jaskiń występuje szata naciekowa.