Wraz ze wzrostem popularności pojawiły się kontrowersje dotyczące treści prezentowanych w serialu i tego, czy serial nadal jest odpowiedni dla dzieci. Przykładowo, w latach 60. i 70. działaczka na rzecz moralności Mary Whitehouse wielokrotnie składała skargi na serial do BBC, ponieważ według niej zawierał on zbyt wiele drastycznych treści. Jej działania przyniosły jednak serialowi jeszcze większą popularność, zwłaszcza wśród dzieci. John Nathan-Turner, który był producentem serialu w latach 80., wręcz cieszył się z wygłaszanych przez Whitehouse niepochlebnych komentarzy, ponieważ wkrótce po nich zwykle zwiększała się oglądalność serialuDokument More than 30 Years in the TARDIS, przygotowany na 30-lecie istnienia serialu, rok 2003, produkcja: BBC.. Krytycy serialu twierdzą też, że zawiera on zakamuflowaną propagandę na rzecz idei lewicowych.
Za szczególnie przerażające elementy występujące w serialu uznawano m.in. policjantów o pustych spojrzeniach i plastikowe lalki mordujące niczego niespodziewające się osoby z historii Terror of the Autons z ery trzeciego Doktora. Inne wymieniane szczegóły to m.in. leżący na podłodze mózg w historii z ery czwartego Doktora pt.