Konflikt z Ptolemeuszem XIII Młody Ptolemeusz XIII popadł w zależność polityczną od własnych dostojników dworu: eunucha Pothejnosa, nauczyciela króla, retora Theodetesa z Chios oraz dowódcy armii Achillasa, którzy dążyli do odsunięcia królowej od władzy. Kleopatra w 49 roku p.n.e. zmuszona była opuścić kraj i udać się do Palestyny, gdzie za własne fundusze przystąpiła do organizowania wojska najemnego. Na wieść o tym stronnictwo króla zaczęło przygotowywać się do odparcia możliwego najazdu, gromadząc siły w portowym mieście Peluzjum. Podczas spotkania obu armii w 48 roku p.n.e. do portu przybił statek Pompejusza, uciekającego po klęsce pod Farsalos poniesionej w walce z Cezarem. Dla przypodobania się Rzymowi stronnicy Ptolemeusza XIII zamordowali zbiega, czym wywołali niezadowolenie Cezara.
Sojusz i związek z Juliuszem Cezarem