Od 1818 w powiecie raciborskim.
Według słownika geograficznego Królestwa Polskiego z 1880 roku niedaleko Bieńkowic, u zbiegu rzeki Psiny z Odrą istniała inna wieś o podobnej nazwie – Bękowice.
W granicach Polski od końca II wojny światowej. W latach 1954–1961 wieś należała i była siedzibą władz gromady Bieńkowice, po jej zniesieniu w gromadzie Tworków. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa katowickiego.
Folklor Pomimo historycznej przynależności do śląskiej diecezji wrocławskiej i niezaprzeczalnej tożsamości śląskiej mieszkańców wsi, zdaniem wielu językoznawców posługiwali się oni morawskimi gwarami laskimi (podobnie jak mieszkańcy sąsiedniego Tworkowa). Można podejrzewać, że ma to związek z migracjami pobliskich tzw. Morawców do Bieńkowic, czego echem są do dziś występujące w miejscowości nazwiska pochodzenia morawskiego.