2 maja 1425 roku, w wyniku zabiegów dworu królewskiego Władysława Jagiełły, lipnowscy rajcowie wystawili na zamku w Bobrownikach dokument ze zobowiązaniem, że w wypadku zgonu króla, za „prawego pana i dziedzica” miasto Lipno uzna jego syna Władysława. Podobne zobowiązanie złożyli również w tym samym roku rajcowie Bobrownik.
W okresie wojny trzynastoletniej w zamku bobrownickim przetrzymywani byli jeńcy krzyżaccy. Po podpisaniu II pokoju toruńskiego skończyła się rola Bobrownik jako twierdzy broniącej rubieży królestwa polskiego przed Krzyżakami. W pokojowych warunkach nastąpił rozkwit gospodarczy miejscowości. Funkcjonowała komora celna na Wiśle, która w późniejszym czasie została połączona z komorą celną funkcjonującą we Włocławku i przeniesiona do tego miasta.
Sebastian Fabian Klonowic tak pisze o Bobrownikach w poemacie „Flis, to jest Spuszczanie statków Wisłą i inszymi rzekami do niej przypadającymi” (1595):