Podczas II wojny światowej Niemcy urządzili w kościele magazyn zbożowy, księży wywieziono do niemieckiego obozu koncentracyjnego Soldau (KL) w Działdowie, bodzanowskich Żydów stracono w obozie zagłady w Treblince, a tutejsza synagoga została zniszczona. W obozie w Działdowie zamordowany został m.in. ks. Adam Goszczyński (1875–1941) – proboszcz parafii Bodzanów, organizator Ochotniczej Straży Pożarnej, kółka rolniczego oraz ochronki dla biednych dzieci. Miała tu też miejsce egzekucja 13 Polaków.
Niemcy utworzyli w mieście getto. W lutym i marcu 1941 roku wywieźli część mieszkańców do getta w Nowym Dworze, część wysiedlono do dystryktu radomskiego w Generalnym Gubernatorstwie. Większość znalazła się m.in. w obozie w Bielsku.
Po II wojnie światowej Bodzanów został siedzibą nowo utworzonej gminy i zaczął się intensywny rozwój miejscowości.
28 października 2021 Rada Gminy Bodzanów przyjęła uchwałę o przeprowadzeniu z mieszkańcami gminy konsultacji społecznych w sprawie nadania statusu miasta miejscowości BodzanówUchwała 302/XXXIV/2021. W przeprowadzonych 8 grudnia 2021 konsultacjach udział wzięło 223 mieszkańców gminy, spośród 8004 osób uprawnionych. Z tej liczby 150 osób było za, 40 przeciw, 32 wstrzymało się od głosu, a jedna osoba nie głosowałaWyniki Bodzanów.