Październikowe kazanie w katedrze na Wawelu podczas mszy świętej dla przywódców związkowych (solidarność to jeden drugiego ciężary noście, najgłębsza solidarność jest solidarnością sumień) stało się początkiem serii tekstów publikowanych w „Tygodniku Powszechnym” i wydanych później jako Etyka Solidarności (1981), w których rozwijał refleksję nad etycznym wymiarem ówczesnych wydarzeń. Od tej pory był powszechnie uznawany za kapelana „Solidarności”. Jego kazanie wygłoszone na I Zjeździe Solidarności w Gdańsku zaliczono w poczet oficjalnych dokumentów zjazdu. W homilii wygłoszonej przez Jana Pawła II w 1987 na Zaspie w Gdańsku papież cytował teksty Józefa Tischnera jako najlepiej oddające prawdę o „Solidarności”.
W 1996 podczas rozmowy z red. Eweliną Puczek na antenie TVP Katowice stwierdził, że był taki czas kiedy Europa i Polska były zagrożone terroryzmem lewicowym. Aktualnie "podnosi głowę, daje o sobie znać" terroryzm prawicowy, który stanowi zagrożenie, gdyż "ma pełną gębę religii".
Był członkiem Rady Fundacji Stefana Batorego. Wystąpił w spocie Kongresu Liberalno-Demokratycznego. Później był członkiem rady programowej Unii Wolności.