W Auschwitz 6 stycznia 1941 wysłano go do obozu Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu. Tam spotkał i został otoczony opieką przez swego przyjaciela z ONR Bolesława Świderskiego, który wysoko cenił Mosdorfa i uważał go za jednego z najwybitniejszych polityków i myślicieli młodego pokolenia. Ta opieka uratowała Mosdorfowi życie i pozwoliła na przedłużenie jego wegetacji w obozie. Popierał też powołanie wśród więźniów wspólnego frontu walki i samopomocy. Jak wspominał Jerzy Ptakowski, współwięzień Oświęcimia, konspiracyjna grupa członków Stronnictwa Narodowego rozpoczęła działalność już w pierwszych miesiącach istnienia obozu. W jej skład wszedł także Mosdorf i należał do jej kierownictwa – tzw. „trójki górnej”M. Kofin, Jan Mosdorf (1904-1943). Życie i myśl polityczna, Warszawa 2023, s. 230.. .
Według niektórych relacji w Auschwitz Mosdorf zaczął udzielać pomocy także Żydom. Do tej pory politycznie zwalczał Żydów i lewicę, dopóki w jego mniemaniu byli oni zagrożeniem dla narodu i państwa polskiego. Z chwilą, gdy Żydzi stanęli w obliczu biologicznej zagłady, wspierał ich według swych możliwości.