W czerwcu 1939 został wybrany prezesem Rady Naczelnej Stronnictwa Narodowego, którą to funkcję sprawował do śmierci.
II wojna światowa W lipcu 1939 został zmobilizowany i uczestniczył w kampanii wrześniowej (wówczas p.o. prezesa zarządu głównego SN pełnił Mieczysław Trajdos). Następnie przedostał się na Węgry. W Paryżu od stycznia 1940 był zastępcą przewodniczącego I Rady Narodowej Rzeczypospolitej Polskiej. Po upadku Francji przez Vichy i Portugalię dotarł do Wielkiej Brytanii. Pod jego kierownictwem Stronnictwo Narodowe prowadziło politykę opozycyjną wobec rządu gen. Władysława Sikorskiego. Krytykował zawarcie układu Sikorski-Majski, stojąc na stanowisku, że umowa ta nie potwierdziła jednoznacznie integralności przedwojennej polskiej granicy wschodniej, co może mieć w przyszłości konsekwencje polityczne. Doprowadziło to do wystąpienia działaczy SN z rządu generała Sikorskiego. W grudniu 1942 wysunął, jako pierwszy polski polityk, oficjalnie, w imieniu Stronnictwa Narodowego, żądanie przesunięcia granicy zachodniej Polski na Odrę i Nysę Łużycką. Od listopada 1944 był zwolennikiem polityki rządu Tomasza Arciszewskiego.