Po II rozbiorze Polski Sztutowo trafiło do Królestwa Prus, a następnie (po zjednoczeniu Niemiec) do Cesarstwa Niemieckiego. Lata 1793–1919 to najbardziej dynamiczna epoka w historii wsi. Zmiany dokonywały się w każdej płaszczyźnie życia: ekonomicznej, cywilizacyjnej, społecznej i politycznej. Sztutowo na początku XX wieku liczyło ponad 2300 mieszkańców.
Na mocy traktatu wersalskiego z 1919 roku gmina Stutthof znalazła się w granicach Wolnego Miasta Gdańska. Zmiana przynależności spowodowała pojawienie się posterunków granicznych, kontroli celnych oraz modyfikację dotychczasowych szlaków handlowych i powiązań gospodarczych.
W 1905 roku wieś uzyskała połączenie kolejowe z Gdańskiem.
W latach 1920–1939 Sztutowo należało do Wolnego Miasta Gdańska, a w pobliskim Przebrnie przebiegała granica z III Rzeszą. Urzędowali tu polscy celnicy, którzy doznawali wielu prowokacji ze strony Niemców. 31 sierpnia 1939 r.