W XIV wieku wzniesiono kościół parafialny (w XVII wieku do parafii należały wsie: Czarnowo, Toporzysko, Stanisławka, Zławieś, Pędzewo, Smolno i Kamionka).
W 1457 roku król Kazimierz IV Jagiellończyk przekazał wieś na własność miastu Toruniowi, do którego należała aż do rozbiorów. W połowie XV wieku mieszkało tu na 24 łanach 24 zagrodników i 6 komorników. W 1585 roku istniał młyn wodny do przerabiania zboża na mąkę i kaszę. W XVII w. Czarnowo ogarnął ruch reformacyjny, do czego przyczyniły się wpływy kaznodziejów z Torunia, który był silnym ośrodkiem protestantyzmu. W tym okresie popularne nad Wisłą stało się osadnictwo olęderskie. Przybywający z Holandii mennonici otrzymywali prawo do wolnego uprawiania ziemi w zamian za czynsz płacony właścicielom gruntów.
11 stycznia 1657 walczące ze Szwedami w czasie potopu wojska polskie dowodzone przez Stefana Czarnieckiego przedostały się tu przez zamarzniętą WisłęCzarnowo.