Jaskinie były wykorzystywane przez człowieka prehistorycznego, którego ślady bytowania znaleziono w wielu schroniskach na terenie OPN.
Pradzieje człowieka w Dolinie Prądnika i Ojcowie W OPN znaleziono liczne ślady bytowania ludzi prehistorycznych. Sprzyjało im występowanie naturalnych jaskiń i schronisk, dobre warunki obronne terenu, a także obfitość krzemieni, z których można było wykonywać narzędzia. Archeolodzy znajdują ich ślady głównie w namuliskach jaskiń i schronisk. Najstarsze znaleziska pobytu ludzi prehistorycznych odkryto w Jaskini Ciemnej. Pochodzą sprzed 120–115 tys. lat p.n.e. i należą do kultury aszelskiej z końca zlodowacenia środkowopolskiego. W jaskiniach Koziarnia, Ciemna i schronisku Wylotne odkryto bogaty materiał wykopaliskowy świadczący o ich zamieszkiwaniu przez ludzi zaliczanych do 5 kultur i żyjących 70–54 tys. lat p.n.e. Były to liczące do 20 ludzi plemiona wędrownych myśliwych polujących za pomocą oszczepów i bolasów na ówcześnie żyjące tu zwierzęta, m.in. mamuty, tury, renifery, niedźwiedzie jaskiniowe. Bardzo liczne narzędzia krzemienne znaleziono w Jaskini Nietoperzowej, mniej liczne w Koziarni, Jaskini Mamutowej i schronisku w Skale Puchacza. Należały do żyjących ok. 36 tys. lat p.n.e. ludzi kultury jerzmanowickiej.