Doliczono się ok. 30 zespołów roślinnych. Największą powierzchnię zajmują lasy i zarośla: grądy dębowo-lipowe, buczyna karpacka, jaworzyna górska, bory sosnowe, lasy mieszane. Wiosną przed rozwojem liści drzew w runie masowo zakwitają: przylaszczka pospolita, miodunka ćma, zawilec gajowy i żółty, śledziennica skrętolistna, zdrojówka rutewkowata. Na skałach występują murawy kserotermiczne, a na dnach dolin las łęgowy. Wilgotne skały porośnięte są glonami, jak reliktowy gatunek wodolubka (Hydrurus foetidus). Z rzadkich grzybów warto wymienić purchawicę olbrzymią, sromotnika bezwstydnego, soplówkę jodłową i gwiazdosza czteropromiennego. Do gatunków introdukowanych należy między innymi grujecznik japoński.
Fauna Liczbę występujących w parku i jego otulinie gatunków zwierząt szacuje się na 11 tys., do tej pory wykazano ich ok. 6 tys. Symbolem OPN są zamieszkujące jaskinie nietoperze – 17 gatunków (w Polsce – 25), najczęstszymi są nocek duży i podkowiec mały. Badania przeprowadzone w lutym 2022 roku wykazały, że w 21 obiektach nocowało 857 nietoperzy 11 gatunków. Z większych ssaków: sarna, zając szarak, dzik europejski, lis rudy, kuna leśna, tchórz zwyczajny, gronostaj, bóbr europejski, borsuk, orzesznica, piżmak.