Graniczy z sołectwami (od północy, zgodnie z ruchem wskazówek zegara): Rudziczka, Laskowiec, Miłowice, Prężyna, Prężynka, Niemysłowice.
Wieś leży na Nizinie Śląskiej, w pobliżu Gór Opawskich. Według podziału fizycznogeograficznego z 2017 dr. Krzysztofa Badory, Czyżowice znajdują się w granicach mikroregionu Wysoczyzna Bialska (318.58.1). W obszarze wsi przepływa rzeka Biała. Leży na wysokości 250–295 m n.p.m.
Na północny wschód od miejscowości znajduje się las Pakosz.
Środowisko naturalne W Czyżowicach panuje klimat umiarkowany ciepły. Średnia temperatura roczna wynosi +7,9 °C. Duże zróżnicowanie dotyczy termicznych pór roku. Średnie roczne opady atmosferyczne w rejonie Czyżowic wynoszą 626 mm. Dominują wiatry zachodnie.
Nazwa Śląski pisarz Konstanty Damrot w swojej pracy o śląskim nazewnictwie z 1896 roku wydanej w Bytomiu.