30 września 2023 został hospitalizowany w związku z nagłym zatrzymaniem akcji serca. Był leczony w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie, w którym zmarł 17 grudnia tego samego roku. 21 grudnia po mszy pogrzebowej w bazylice Mariackiej został pochowany w alei zasłużonych cmentarza Rakowickiego w Krakowie.
Życie prywatne Rodzicami Janusza Filipiaka byli Tadeusz i Cecylia. Siostra Anna pracowała jako profesor zarządzania w Szkole Głównej Handlowej w Warszawie. Był żonaty z Elżbietą, z którą miał troje dzieci: Annę Berenikę, Janusza Jeremiasza i Marię Klementynę.
Odznaczenia i wyróżnienia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (pośmiertnie, 2023). Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (2012) Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (2004) IEEE Communications Society Distinguished Industry Leader Award 2012 (2013) Indywidualna Nagroda Gospodarcza Prezydenta RP (2016) Medal 70-lecia Polskiej Informatyki – przyznany przez kapitułę Polskiego Towarzystwa Informatycznego (2018)
Publikacje Janusz Filipiak, Modelling and control of dynamic flows in communication networks, Springer Verlag, Berlin 1988, . Janusz Filipiak, Real Time Network Management, North Holland, Amsterdam 1991, . Janusz Filipiak, Krzysztof Domaradzki, Dlaczego się udało.