Źródła zakażenia Rotawirusy są przenoszone drogą pokarmową. Zasadnicze znaczenie w przenoszeniu choroby mają ręce. Do zakażenia dochodzi głównie poprzez spożycie pokarmu zanieczyszczonego kałem osoby chorej. Również woda zanieczyszczona rotawirusami może być przyczyną zachorowań. Źródłem zakażenia mogą być produkty, które nie wymagają obróbki cieplnej, takie jak sałatki, owoce czy przystawki. Rotawirusy są całkiem trwałe w środowisku. Pomiary sanitarne stosowane dla bakterii i pasożytów w przypadku rotawirusów są nieefektywne, tak samo notuje się przypadki zakażeń w krajach o wysokim i niskim standardzie życia. Nie ma zadowalających metod analizy skażonej żywności, mimo że możliwe jest zastosowanie metod laboratoryjnych wykrywania wirusa w wodzie czy żywności przy wykorzystaniu reakcji odwrotnej transkrypcji łańcucha polimerazy RT-PCR.
Przebycie zakażenia rotawirusem powoduje powstanie w błonie śluzowej przewodu pokarmowego swoistych przeciwciał klasy IgA. Przeciwciała te chronią przed ponownym zakażeniem tym samym typem serologicznym wirusa. Możliwe są jednak zachorowania powtórne spowodowane innymi typami wirusa. Zachorowania te mają łagodniejszy przebieg.