Na początku XVIII w. wskutek wojen, pożarów i innych nieszczęść stan kościoła był bardzo zły. W 1723 r. postanowiono „szczyt znacznej wysokości od południa znieść i ze ścianami w równej linii zrównać”. Skrócono korpus, zamurowano dawne wejście (od strony Wisły), istniejące od ponad 400 lat i zrobiono nowe (od strony Rynku) usunięto boczne kaplice, nadając styl późnobarokowy.
4 października 1732 fara stała się kolegiatą św. Bartłomieja, po przeniesieniu tutaj Kapituły z kolegiaty św. Michała. W 1772 roku zakończono przebudowę kościoła i dokonano rekonsekracji kolegiaty. W 1819 arcybiskup Franciszek Malczewski dokonał likwidacji kapituły, jednocześnie odbierając tytuł kolegiaty farze. W latach 1939–1940 według projektu Władysława Drapiewskiego wykonano polichromię.
Na uwagę w kościele zasługuje marmurowy ołtarz główny, który został tu przeniesiony w 1856 ze zlikwidowanego kościoła św. Wojciecha. Od początku XVII w. istnieje przy świątyni wolnostojąca dzwonnica.
Od 1846 wychodzi z fary coroczna piesza pielgrzymka do sanktuarium maryjnego w Skępem. Pierwsza odbyła się jako dziękczynienie za wygaśniecie epidemii cholery w Płocku.