Koronacja nie zakończyła sporów elekcyjnych. Hetman wielki koronny Jan Zamoyski musiał stanąć zbrojnie po stronie Zygmunta III Wazy. 24 listopada pokonał oblegające Kraków 8-tysięczne wojsko austriackie a 24 stycznia 1588, po pościgu rozbił przeciwnika pod Byczyną i wziął Habsburga do niewoli. Uwięził go w Krasnymstawie. Aresztowano też wielu jego zwolenników.
9 marca 1589, w imieniu pokonanych Habsburgów, cesarz Rudolf II Habsburg podpisał porozumienie (traktat bytomsko-będziński), w którym zobowiązał się do nieinterweniowania w wewnętrzne sprawy RzeczypospolitejStanisław Rosik, Przemysław Wiszewski, Wielki Poczet polskich królów i książąt, Wrocław 2006, s. 923.. Natomiast sejm pacyfikacyjny ogłosił amnestię. Uwolniono Maksymiliana i jego zwolenników.
Herby i tytuły królewskie Zygmunta III Wazy
Zygmunt III, z Bożej łaski król Polski, wielki książę litewski, ruski, pruski, mazowiecki, żmudzki, inflancki, a także dziedziczny król Szwedów, Gotów i Wendów.
łac. Sigismundus Tertius Dei gratia rex Poloniæ, magnus dux Lithuaniæ, Russiæ, Prussiæ, Masoviæ, Samogitiæ, Livoniæque, necnon Suecorum, Gothorum Vandalorumque hæreditarius rex.