W 1596
W tymże 1596 Zygmunt III rozpoczął przeprowadzkę swojego dworu ze spalonego rok wcześniej Zamku Królewskiego na Wawelu do Warszawy. Po 1611 Warszawa stała się Miastem Rezydencjonalnym Jego Królewskiej Mości. Oficjalną stolicą Królestwa Polskiego pozostał jednak nadal Kraków, miejsce prawie wszystkich kolejnych koronacji i depozytariusz królewskich insygniów oraz siedziba instytucji państwowych, np. Skarbca Koronnego.
Bunty kozackie
Zatargi z kozakami o stworzenie stałej armii na żołdzie Rzeczypospolitej (kozacy rejestrowi) doprowadziły do wybuchu serii buntów na Ukrainie, krwawo stłumionych przez wojska koronne i pospolite ruszenie. W latach 1591–1593 trwało powstanie Kosińskiego, 1594–1596 powstanie Nalewajki, na schyłek panowania Zygmunta III przypada powstanie Fedorowicza w 1630. Zygmunt III nie interesował się natomiast problemami związanymi z południowo-wschodnimi granicami Rzeczypospolitej. Pozostawił je w gestii kanclerza Jana Zamoyskiego, który w 1595, realizując stare plany Stefana Batorego, zajął zbrojnie Mołdawię jako polskie lenno. Wojskowa interwencja Imperium Osmańskiego została odparta pod Cecorą i zależność Hospodarstwa Mołdawskiego od Rzeczypospolitej utrzymała się jeszcze do 1620.