Seidel przeprowadził w 2002 badania relacji pokrewieństwa pomiędzy przedstawicielami tej grupy i zaproponował nową klasyfikację rodzaju Trachemys.

Obecnie wyróżnia się trzy podgatunki Trachemys scripta: Trachemys scripta scripta (podgatunek nominatywny) – żółw żółtobrzuchy Trachemys scripta elegans – żółw czerwonolicy (lub czerwonouchy) Trachemys scripta troostii – żółw żółtolicy.

thumb|240px|Trachemys scripta troostii Podgatunki dawniej zaliczane do tego gatunku i ich nowe nazwy: Trachemys scripta callirostris – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys callirostris Trachemys scripta cataspila – Trachemys venusta cataspila Trachemys scripta chichiriviche – Trachemys callirostris chichiriviche Trachemys scripta emolli – Trachemys grayi emolli Trachemys scripta grayi – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys grayi Trachemys scripta gaigeae – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys gaigeae Trachemys scripta hartwegi – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys hartwegi Trachemys scripta hiltoni – Trachemys nebulosa hiltoni Trachemys scripta nebulosa – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys nebulosa Trachemys scripta ornata – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys ornata Trachemys scripta taylori – obecnie traktowany jako odrębny gatunek Trachemys taylori