Nieudolnie prowadzona akcja pożarowa przyczyniła się do zniszczenia aż 71% zabudowy Gerniki. Frankistowski lotnik Salas Larrazabal ocenia, że na miasto i okolicę zrzucono 22,07 tony bomb z Ju 52, 1,8 tony z SM.79 i 4,35 tony z niemieckich bombowców dwusilnikowych, łącznie 28,22 tony (większość poza miastem, w okolicy mostu nad rzeką Oca).
Dokładna liczba ofiar nalotu nie jest znana. Według różnych, sprzecznych ze sobą szacunków, zginęło od 100 do 3000 osób, a kilkaset zostało rannych (zachowane dokumenty ze szpitali mówią o 120 zabitych i 30 rannych). W samym mieście ofiarami byli głównie cywile, zniszczeniu uległy przede wszystkim budynki cywilne (znajdująca się w Gernice fabryka broni Unceta, produkująca pistolety Astra, nie ucierpiała podczas nalotu). W mieście prawdopodobnie nie było już jednak ludzi przybyłych na targ (został odwołany w porze obiadowej). Nie został zniszczony też główny cel ataku – most, przez co nalot został uznany przez Richthofena jako nieudany. Jednocześnie Richthofen przypisywał zniszczenie centrum miasta złej widoczności z powodu dymu pochodzącego z wcześniejszych nalotów.