W 1538 wymieniono Janiszewo przy rozgraniczeniu dóbr ponieckich z wsiami Waszkowo i Zawada.
Miejscowość odnotowały historyczne regesty podatkowe. W 1563 miał miejsce pobór podatków z 4,5 łana oraz od wiatraka dziedzicznego. W 1564 we wsi odnotowane zostały 4 łany. W 1580 odbył się pobór z 9 łanów osiadłych, a dziesiąty łan zwolniono z podatków z powodu pożaru w poprzednim roku. We wsi mieszkali także dwaj zagrodnicy, oraz jeden zagrodnik wolny, trzech komorników, jeden rzemieślnik oraz jeden pasterz wypasający 10 owiec.
W 1580 wieś Janissewo położona była w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, Wielkopolska t. I, Warszawa 1883, s. 82..
Po rozbiorach Polski miejscowość wraz z całą Wielkopolską znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Kröben (krobskim) w rejencji poznańskiej. Janiszewo należało do okręgu bojanowskiego tego powiatu i stanowiło część majątku Widawy, którego właścicielką była wówczas Mycielska.