W 1562 wybuchła wojna religijna, trwająca z przerwami 30 lat (do 1592). W jej czasie miały miejsce rzezie hugenotów, w tym największa rzeź w Paryżu – Noc św. Bartłomieja (z 23 na 24 sierpnia 1572 r.)J. Warmiński, Hugenoci, [w:] Encyklopedia Katolicka, t. 6, Lublin 1993, kol. 1282.. W 1573 miało miejsce oblężenie La Rochelle.
Przywódca hugenotów Henryk, król Nawarry, gdy został królem Francji, wydał edykt nantejski (1598), który hugenotom przyznawał wolność wyznania. Zwalczali ich jednak kolejni władcy: Ludwik XIII i reprezentujący go kardynał Richelieu (kolejne oblężenie La Rochelle w latach 1627–1628). Ludwik XIV w 1685 odwołał edykt nantejski, wydając edykt z Fontainebleau.
Spowodowało to likwidację protestantyzmu, zarówno jako organizacji kościelnej, jak i siły politycznej; rozwiązywanie zborów, banicje pastorów, przymusowe nawracanie na wiarę katolicką, wreszcie dragonady – wywołały w 1702 r. powstanie kamizardów. Hugenoci wyemigrowali w dużej części do Anglii, Prus, Szwajcarii i Niderlandów, czego skutkiem było osłabienie gospodarcze kraju.
W 1787 hugenoci odzyskali prawa cywilne, ale dopiero rewolucja 1789 i kodeks Napoleona przyniosły im pełne równouprawnienie z katolikamiJ. Warmiński, Hugenoci, [w:] Encyklopedia Katolicka, t. 6, Lublin 1993, kol.