W mieście handlowano zbożem, upowszechniła się stosowana tu miara korzec koszycki, równy 1/4 korca krakowskiego (55 kg żyta lub 57 kg pszenicy). Z 1564 roku pochodzi wzmianka o istnieniu ratusza. W 1579 roku w Koszycach działało 86 warsztatów rzemieślniczych.
Upadek miasta nastąpił od XVII wieku. Spustoszenia dokonała zaraza z 1654 roku, podczas której zmarło m.in. 40 miejscowych mistrzów cechowych. Dzieła zniszczenia dopełnił potop szwedzki. W tym okresie z 77 rzemieślników pozostało 18. W 1664 roku Koszyce miały zaledwie 432 mieszkańców i znajdowały się tu 52 domy. W kolejnych latach miasto jeszcze bardziej podupadło, mieszkańcy musieli odrabiać pańszczyznę na folwarku w pobliskich Kucharach.
W XVIII wieku sytuacja miasta uległa poprawie. Stało się ono ważnym ośrodkiem rzemieślniczym. Rozwijało się przede wszystkim sukiennictwo. W 1827 roku miasto miało 628 mieszkańców. Po powstaniu styczniowym 1 czerwca 1869 roku car odebrał Koszycom prawa miejskie. W ramach represji za udział mieszkańców w powstaniu, rosyjskie władze przeniosły także siedzibę gminy do miejscowości Filipowice. Pod koniec XIX w. ok. 40% mieszkańców stanowili Żydzi, którzy mieli własną gminę wyznaniową i dużą synagogę.