Jednym z pierwszych właścicieli folwarku był polski szlachcic Kilian Pobolski i od jego nazwiska nazwano tamę Pobolski i most Pobolski. Po nim właścicielem został szlachcic Bielawski, a następnie W 1669 r. folwark dzierżawił Bokorowski. W czasie I rozbioru Polski folwark w Kotuniu stał się własnością królewską, a 3 lipca 1812 r. kupił go królewski urzędnik skarbowy Kegel. W 1831 r. właścicielem zostaje jego syn Wilhelm Kegel, a od 1892 r. Franz Modrow z Wrzącej.
Po drugiej wojnie światowej Kotuń składał się z dwóch części. Do pierwszej należał majątek z pałacem i czworakami, na bazie którego powstało Państwowe Gospodarstwo Rolne specjalizujące się w hodowli bydła. Wokół PGR powstało osiedle domów wielorodzinnych, w których zamieszkali pracownicy PGR. Drugą część zamieszkiwali rolnicy indywidualni oraz pracownicy cegielni powstałej na początku XX wieku i funkcjonującej do końca lat 80 XX wieku.
Początek lat 90. XX wieku to trudny okres dla mieszkańców tej miejscowości. Wówczas likwidacji uległo Państwowe Gospodarstwo Rolne, w cegielni wygaszono piec, a większość mieszkańców pozostała bez pracy.