W 1274 wschodnia granica śląskiego księstwa opolskiego została przesunięta z rzeki Skawy do Skawinki z wyjątkiem tzw. korytarza radwanickiego, natomiast Krzęcin został jedną z najważniejszych miejscowości powstałej w ten sposób enklawy kolejnych śląskich księstw: od około 1290 cieszyńskiego, od około 1315 oświęcimskiego, od 1445 zatorskiego. To ostatnie zostało zakupione przez polskiego króla w 1494, a w 1513 roku stało się częścią Korony Królestwa Polskiego.
W dwóch dokumentach sądowych spisanych po łacinie z 1401 roku wymieniony został sołtys z Krzęcina: Stanislaus scultetus de Krzszczanczin, a w drugim z 1402 roku Stanislaus de Krzszczanczin. W napisanym w latach 1440–1480 dziele Liber beneficiorum polskiego historyka Jana Długosza, miejscowość określona jest jako Krzszczanczin (Krzczęcin). Autor wymienia we wsi kościół, karczmę, młyn, sześć stawów rybnych (dwa mniejsze i cztery większe) oraz klasztorny folwark. Wieś jako uposażenie klasztoru płaciła dziesięcinę i była zwolniona od pańszczyzny.