Kontrowersje wokół śmierci Cesarz zmarł w listopadzie 1825 roku w trakcie jednej ze swych licznych podróży po kraju, gdy spędzał wakacje z żoną na Krymie. Puszkin napisał nawet epitafium: „Всю жизнь свою провел в дороге, простыл и умер в Таганроге” (Całe swoje życie spędził w drodze, przeziębił się i umarł w Taganrogu). Potwierdzają to liczne dokumenty, świadectwa osób obecnych przy chorobie i śmierci cara. Tak też przyjęto w doktrynie historycznej.

Istnieje jednakże kontrowersyjna hipoteza głosząca, że śmierć Aleksandra I została przez niego samego sfingowana. Jak wyżej wspomniano, skierował uwagę ku religii, ponadto zainteresował się analizą świata pozazmysłowego. Alternatywna teoria losów cara głosi, że w związku z tym zrezygnował z udziału w życiu politycznym i tronu oraz przez resztę życia był mnichem na Krymie bądź Syberii. Dowodem mającym przemawiać za prawdziwością nowego wcielenia Aleksandra I była pusta trumna, w której miał być pochowany w 1825 roku, jak rzekomo wykazała ekshumacja. Do pewnych wniosków mógł skłaniać fakt przewozu trumny do Sankt Petersburga aż przez dwa miesiące. Powodami tak długiego okresu transportu były biurokracja oraz słaba jakość ówczesnych dróg w imperium.