Gdy Zgromadzenie Narodowe odebrało mu dowództwo nad armią, porzucił armię i usiłował uciec do Stanów Zjednoczonych, przechodząc przez linie austriackie. Rozpoznany przez Austriaków został aresztowany i resztę wojny spędził w więzieniach w Prusach i w Austrii (w Ołomuńcu).
Wrócił do Francji w 1799, po objęciu władzy przez Napoleona Bonaparte. Aż do śmierci pozostał działaczem liberałów, dowodził Gwardią Narodową w czasie rewolucji lipcowej 1830. Czynnie wspierał wtedy króla Ludwika Filipa I, później przeszedł do opozycji. Był przyjacielem Polski i Polaków, współzałożycielem Francusko-Polskiego Komitetu Pomocy dla powstania listopadowego – żądał przyjścia Polsce z pomocą, zbierał składki na rzecz powstania. W Stanach Zjednoczonych zyskał miano „bohatera dwóch światów” – Ameryki i Francji.
Rodzina 11 kwietnia 1774 La Fayette ożenił się z Marie Adrienne Françoise de Noailles (1759–1807), córką bogatego arystokraty Jeana de Noailles i Henriette Anne Louise d’Aguesseau.