Biskupów oraz Kongregacji Indeksu, został także członkiem komisji inkwizycyjnej badającej zarzuty o herezję wobec prymasa Hiszpanii Bartolomé Carranzy.
Pontyfikat Po śmierci papieża Grzegorza XIII został 24 kwietnia 1585 r. jednogłośnie wybrany na papieża, przybierając imię Sykstus V. Mimo że panował dość krótko, zdołał przeprowadzić w Watykanie liczne reformy – uporządkował finanse Watykanu (wzbogacił pusty skarbiec papieski) i zreformował Kurię Rzymską – utworzył 15 Kongregacji Kardynalskich, które miały za zadanie samodzielnie wykonywać zlecone zadania. Zreformował też Kolegium Kardynałów – postanowił, że kardynałów będzie nie więcej niż 70: 6 kardynałów biskupów, 50 kardynałów prezbiterów i 14 kardynałów diakonów; to ustalenie przetrwało aż do 1958 r. Bezwzględnie rozprawił się z przestępczością – skazał tysiące bandytów, a także mnichów i ich kochanki, na publiczne stracenie, z powodu czego nazwany został „żelaznym papieżem”. W 1588 r. w odpowiedzi na tendencje reformacyjne i przenikanie obrzędów ludowych do liturgii katolickiej utworzył Kongregację Obrzędów, która „miała strzec przepisanych ceremonii Kościoła i nie dopuszczać jakiejkolwiek ich skazy”. Otaczał opieką miasta, nadał prawa miejskie Montalto i Loreto.