Po wieloletnich zabiegach kurii diecezjalnej, 28 października 1988 r. przywrócono tytuł własności diecezji chełmińskiej. Po przeniesieniu podopiecznych w inne miejsca, budynek został zwrócony władzom diecezjalnym w 1993 r. (protokolarnie w dniu 1 września, jednak klucze zostały przekazane przez wojewodę gdańskiego Macieja Płażyńskiego w dniu 16 września).
W 1997 r. przystąpiono do odbudowy, a po jej zakończeniu, 2 września 2000 r. dokonano otwarcia reaktywowanego Collegium Marianum. 6 czerwca 2006 w 170-lecie szkoły biskup Jan Bernard Szlaga nadał jej imię Jana Pawła II.
Dnia 1 września 2008 r. dyrektorem szkoły został mianowany ks. Andrzej Szopiński. Od roku szkolnego 2013/2014 nowym dyrektorem był ks. Arkadiusz Ćwikliński. W roku szkolnym 2018/2019 dyrektorem uczelni został ks. dr Wiesław Szuca.