Przepływa przez nią potok Niegłoszcz.
Historia Łysa Góra istniała prawdopodobnie już w XIV wieku, chociaż najstarszy dokument wymieniający jej nazwę pochodzi z 1490 roku. Wieś, będąca własnością Bogoriów, Wojszyków, Stadnickich, dzieliła w swej historii losy dóbr tych rodów. Z rejestrów podatkowych wynika, że w 1581 stanowiła własność lub była we władaniu Tarnowskich.
Łysa Góra często była niszczona podczas napadów zbójeckich, podobnie jak sąsiedni Stary Żmigród. Przez lata beskidnicy zrabowali we wsi ponad 120 sztuk bydła i koni. Duże ciężary osada ponosiła też w czasie działalności konfederancji barskiej, a także podczas zaborów. U schyłku XIX wieku zamieszkana była przez 703 osoby.
W czasie pierwszej wojny światowej, pomiędzy grudniem 1914 a majem 1915, miały tu miejsce walki między wojskami rosyjskimi a niemieckimi. Poległych żołnierzy pochowano na cmentarzu założonym w południowo-wschodniej części wsi, po prawej stronie drogi Nowy Żmigród-Dukla. W 33 grobach i jednej mogile zbiorowej spoczywają Niemcy, Austriacy i Rosjanie. Cmentarz został zaprojektowany przez Dušana Jurkoviča.