Mimo wybuchu drugiej wojny światowej nauka w szkole była kontynuowana - w roku szkolnym 1939/1940 rozpoczęło ją 135 uczniów. Jawne nauczanie miało przebieg zgodny z zaleceniami władz okupacyjnych, jednak Lesiowie prowadzili także akcję tajnego nauczania we współpracy z Władysławem Kasprzykiem, dyrektorem Szkoły Podstawowej w Nowym Żmigrodzie i jednocześnie przewodniczącym tajnej Gminnej Komisji Oświaty i Kultury, oraz również prowadzącym tajne nauczanie Feliksem Drozdowiczem z Nowego Żmigrodu. Nauczanie trwało do 1944, kiedy mieszkańcy wsi zostali wysiedleni. Szkoła w Łysej Górze ucierpiała do tego stopnia, że po ustaniu działań wojennych żaden nauczyciel nie chciał podjąć się w niej nauczania.
W 1945 jej dyrektorką została Felicja Jach, która podjęła się wysiłku odbudowy szkoły i zorganizowania nauczania. Na stanowisku zmienił ją w roku szkolnym 1950/1951 Jan Foryś, który jednak wkrótce ze względu na stan zdrowia został przeniesiony, natomiast jego miejsce zajął Tadeusz Kopera, który piastował stanowisko do 1959. Zawiązał się wtedy Komitet Rozbudowy Szkoły w odpowiedzi na hasło Władysława Gomułki "Tysiąc szkół na Tysiąclecie Państwa Polskiego". Rozbudowę, w którą znów zaangażowali się mieszkańcy wsi, nadzorował nowy dyrektor, Wojciech Furman. W 1968 została oddana nowa część budynku.