Po roku spędzonym w tym klubie Włoch przeniósł się do Chelsea, jednak jeszcze w trakcie sezonu 2000/2001 przeszedł do AS Monaco. W obu tych drużynach nie mógł jednak przebić się do podstawowego składu, w efekcie czego w sezonie 2001/2002 roku zdecydował się na powrót do Włoch.
Panucci został graczem AS Roma i swój ligowy debiut w barwach nowego klubu zaliczył 16 września w przegranym 1:2 wyjazdowym pojedynku przeciwko Piacenzy Calcio. W Romie włoski defensor od razu wywalczył sobie miejsce w wyjściowej jedenastce, a w obronie grywał razem z takimi piłkarzami jak Vincent Candela, Walter Samuel, Cafu, Cristian Chivu, Traianos Delas oraz Philippe Mexès. W 2007 i 2008 roku Panucci razem z drużyną zdobył Puchar Włoch, natomiast w 2007 roku wywalczył również krajowy superpuchar.
30 lipca 2009 roku Panucci podpisał roczny kontrakt z Parmą. 23 lutego 2010 roku umowa między zawodnikiem i klubem została rozwiązana. 22 sierpnia tego samego roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej.
Kariera reprezentacyjna Panucci ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Włoch.