W pierwszych latach Sejmu Czteroletniego przebywał w Warszawie. Od 10 lutego 1792 (data śmierci A. Zamoyskiego) stał się doradcą finansowym wdowy, co wkrótce doprowadziło do narastających niesnasek z dotychczasowymi wychowankami. W tym okresie posiadał już znaczny kapitał własny, który skutecznie pomnażał. Z początkiem marca 1793 pojawił się na krótko w Warszawie. W roku 1797, po śmierci Konstancji Zamoyskiej, jej syn (Aleksander) wytoczył mu proces o sfałszowanie skryptu dłużnego (zakończony ugodą ze Stanisławem Zamoyskim i wycofaniem pozwu). W celach naukowych podróżował po kraju (1798–1799), prowadząc badania geologiczne i geograficzne. Wiosną roku 1800 (30 marca) nabył dobra hrubieszowskie, które zostały intabulowane 9 marca 1801 na nazwisko Anny z Zamoyskich Sapieżyny. Oficjalnie stały się jego własnością dopiero 10 lat później (19 sierpnia 1811).