Przyroda Flora Wyżyna Krakowsko-Częstochowską charakteryzuje się większą różnorodnością warunków siedliskowych, niż otaczające ją rejony. Związane to jest między innymi z wapiennym podłożem. Stwierdzono występowanie około 60 naturalnych i półnaturalnych zbiorowisk roślinnych. Lasy zajmują około 20% powierzchni. W zbiorowiskach leśnych występują głównie grądy, mieszane bory sosnowo-dębowe z domieszką jodły lub buka, świetliste dąbrowy. Do rzadkich i cennych przyrodniczo należą zespoły typowe dla gór: buczyna karpacka z domieszką jodły, kwaśna buczyna sudecka, jaworzyna górska oraz ciepłolubna buczyna storczykowa porastająca skaliste, wapienne, silnie nasłonecznione zbocza. W silnie zabagnionych dolinach rzek występują niewielkie fragmenty łęgów.
Dominują jednak zbiorowiska nieleśne. Szczególnie charakterystyczne dla Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej są murawy kserotermiczne na stromych, skalistych i suchych zboczach. Rosną w nich rzadkie gatunki roślin ciepłolubnych. Zaprzestanie wypasu spowodowało w wyniku naturalnej sukcesji wtórnej zarastanie ich krzaczastymi zaroślami. Aby temu zapobiec w wielu rejonach uruchomiono program ochrony i odnowy muraw kserotermicznych (usuwanie zarostu drzew i krzewów). Wzdłuż potoków na dnach dolin spotyka się półnaturalne zbiorowiska łąkowe oraz szuwarowe i torfowiskowe.