brzoza ojcowska (w Dolinie Bolechowickiej i Kobylańskiej), przytulia krakowska, warzucha polska znaleziona w Olkuszu, ostróżka tatrzańska (subendemit tatrzański), modrzew polski.
Spotyka się rośliny występujące na reliktowych stanowiskach, oderwanych od głównego, zwartego zasięgu występowania. Są to głównie rośliny stepowe i górskie – tych naliczono około 60 gatunków. Bardzo liczna jest grupa roślin kserotermicznych – około 300 gatunków. Należą do nich m.in. typowe dla stepów gatunki, jak ostnica Jana, kostrzewa bruzdkowana, oman wąskolistny, rumian żółty, dziewanna austriacka, przetacznik ząbkowany, a także rosnące na suchych zboczach i w murawach naskalnych macierzanki: Marschalla, pannońska, austriacka, nagolistna, wczesna (jedyne w Polsce reliktowe stanowisko). W Dolinie Prądnika i Dolinie Dłubni występują rzadki aster gawędka i ostrożeń pannoński. Wśród kserotermicznych krzewów jest wiśnia karłowata, osiągająca tu zachodnią granicę swego występowania. Roślinność pustynna reprezentowana jest na obszarach piasków Pustyni Błędowskiej m.in.