Według spisu urzędowego z 1837 roku Mierzyn stary liczył 90 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 11 dymów (domostw), a Mierzyn nowy liczył 185 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 24 domostwa.
W okresie międzywojennym w miejscowości stacjonowała placówka Straży Granicznej I linii „Mierzyn”.
W latach 1964–1972 zbudowano po północnej stronie jeziora ośrodek szkoleniowy Związku Młodzieży Wiejskiej (późniejszy ośrodek wypoczynkowy "Justynka"), po 1989 zdewastowany i w 2017 rozebranyKiedyś nocowały tu gwiazdy, dziś to miejsce straszy. Zobacz ostatnie zdjęcia kultowego ośrodka w Mierzynie. Pozostały po nim już tylko ślady. We wsi urządzono też Dom Przyjaźni, w którym dokumentuje się współpracę z niemieckim miastem WeinstadtPaweł Anders, Władysław Kusiak, Puszcza Notecka, Oficyna Wydawnicza G&P, Poznań, 2011, s.171-172, .
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa gorzowskiego.
Dzisiejszy Mierzyn składa się ze Starego Mierzyna (niem. Alt-Merine) i Nowego Mierzyna (niem. Neu-Merine). Stary Mierzyn rozpoczyna się od przydrożnego krzyża, a kończy przy granicy ze wsią Zamyślin.