Komisariat-5 (K-5) został utworzony w 1947 na gruzach nazistowskiego Gestapo i posiadał prawie identyczną strukturę administracyjno-organizacyjną.
MfS/Stasi początkowo składało się z trzech pionów, m.in.: Hauptabteilung I (HA I) – wywiad wojskowy i gospodarczy, Hauptabteilung II (HA II) – akcje sabotażowe i agitacyjne w Niemczech Zachodnich oraz Hauptabteilung III (HA III) – kontrwywiad krajowy (dawny Komisariat-5 K-5), potem z 7, aż wreszcie z ponad 20 głównych wydziałów (Hauptabteilungen), wydziałów (Abteilungen) i grup roboczych (Arbeitsgruppen).
Wstrząs polityczny, jakim okazało się powstanie robotnicze z 17 czerwca 1953, oznaczał również zmiany w organizacji aparatu bezpieczeństwa. W lipcu 1953 MfS pozbawiono samodzielności instytucjonalnej i włączono do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (Ministerium des Innern) jako urząd sekretarza stanu ds. bezpieczeństwa państwowego (Staatssekretariat für Staatssicherheit). Do ponownego wyodrębnienia Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego doszło w listopadzie 1955.