W 1565 Jakub Włościejewski zapisał żonie Dorocie Mylińskiej po 1000 złotych polskich posagu oraz wiana na połowie swych dóbr we wsiach Lubasz oraz opustoszałych Miłkowie Starym oraz Miłkowie Młodym. W 1565 Stanisław Włościejewski zapisał żonie Annie Kurskiej po 1000 złotych polskich posagu i wiana na połowie swych dóbr w Lubaszu oraz opustoszałych Miłkowie Starym oraz Miłkowie Młodym.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim w granicach Wielkiego Księstwa Poznańskiego.
W II poł. XIX w. wieś Miłkowo posiadała 43 domy, które zamieszkiwało 338 mieszkańców (w tym: 178 ewangelików, 155 katolików oraz 5 osób wyznania mojżeszowego). Układ przestrzenny: wieś posiada historyczny układ przestrzenny wywodzący się najprawdopodobniej wydłużonego owalnie placu targowego. Oś historycznego założenia skierowana została w kierunku wschód-zachód. W kierunku północ-południe biegnie natomiast przez centrum założenia ważna komunikacyjnie droga Czarnków-Wronki i Szamotuły. Zabudowa: zabudowa stosunkowo zwarta, zagrody z reguły niewielkie, ustawione ciasno. Wieś posiada zachowaną licznie dawną zabudowę gospodarstw wiejskich. Domy mieszkalne – murowane, wzniesione w k. XIX w. i pocz.