Część zborów byłego Związku Chrześcijan Wiary Ewangelicznej podjęła w 1956 roku próbę wystąpienia z ZKE i zwróciła się do władz z prośbą o legalizację związku. Władze odpowiedziały represjami i zbory zostały zmuszone do powrotu do ZKE. Najdłużej, bo do końca lat 60., opierała się „grupa lubelska”. Do 1975 dominowali wolni chrześcijanie (bracia plymuccy), od 1981 – zielonoświątkowcy. Zmiana sytuacji politycznej po 1980 pozwoliła na upodmiotowienie się poszczególnych konfesji w ramach jednego Kościoła. W 1981 wystąpiła z niego grupa wolnych chrześcijan, która utworzyła odrębny związek wyznaniowy pn. Kościół Wolnych Chrześcijan w PRL. Odtąd ZKE obejmował cztery wspólnoty. W 1987 roku na ostatnim synodzie Kościoła zdecydowano o rozwiązaniu ZKE. Pod koniec swego istnienia przekraczał 17 tysięcy wyznawców, największy wzrost liczebny nastąpił w latach 80. XX wieku. W wyniku jego rozpadu powstały cztery odrębne Kościoły: Kościół Chrześcijan Wiary Ewangelicznej w RP, Kościół Ewangelicznych Chrześcijan, Kościół Zborów Chrystusowych i Kościół Zielonoświątkowy w RP.