24–26 maja 1947 roku Krakiewicz i Szenderowski zorganizowali „Konferencję Braterską” w Ustroniu. Na konferencję kilkakrotnie bez powodzenia zapraszano baptystów. Odmówiły również Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych i Związek Chrześcijan Wiary Ewangelicznej ze względu na negatywne doświadczenia dotychczasowej współpracy z Unią. W rezultacie utworzono federację tylko trzech związków pod nazwą Zjednoczony Kościół Ewangeliczny. 23 czerwca 1947 roku Krakiewicz na ostatnim posiedzeniu PKEChB poinformował baptystów o założeniu nowego Kościoła i wystąpieniu wolnych chrześcijan z PKEChB. Odpowiedzialność za utworzenie nowego Kościoła zrzucił na swoich „braci”. Krakiewicz pełnił funkcję sekretarza w PKEChB, natomiast w ZKE został prezesem.
Sprawą priorytetową dla utworzonego Kościoła stało się uzyskanie legalizacji. 15 października 1947 roku przedłożono władzom statut ZKE. Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego nakazało zmianę niektórych zapisów statutu dotyczących współpracy z zagranicznymi wspólnotami religijnymi. Pomimo dokonania poprawek i złożenia stosownych dokumentów we wrześniu 1948, sprawa legalizacji nie została zakończona aż do lipca 1959 roku. Wkrótce po powstaniu ZKE przystąpił do Polskiej Rady Ekumenicznej (PRE).