Nazwa wsi według przekazu pochodzi od słów modlić się w borze i ponoć została nadana przez Bartłomieja z Opatowa, który w 1444 r. powiększył i wymurował stojącą tu kapliczkę benedyktynów świętokrzyskich, wokół której powstała wkrótce leśna osada. Kolatorem powstałego w ten sposób kościoła był opat świętokrzyski. Pierwszym proboszczem parafii był Bartłomiej z OpatowaKs. Jan Wiśniewski, Monografie kościołów w dekanacie opatowskim, Kielce 2000, , str 564.. Według innej teorii nazwa to przymiotnik dzierżawczy od męskiego imienia Modlibor.
W 1608 r. opat Bogusław Radoszewski ofiarował plac na budowę modliborzyckiego szpitala. thumb|left|Obóz wojsk szwedzko-siedmiogrodzkich pod Modliborzycami Podczas potopu szwedzkiego 11 kwietnia 1657 r. król Szwecji, Karol X Gustaw przyjmował tu – jak pisał w 1900 r. Aleksander Janowski w swoich „Wycieczkach po kraju” – swego drapieżnego sprzymierzeńca (...), księcia Siedmiogrodu Jerzego Rakoczego. Przed wspaniale przybranym namiotem, otoczony swą generalicją oczekiwał król na Rakoczego. Ozwały się wreszcie trąby, kotły i gęsta salwa armatnia powitała przybywającego księcia. Król życzliwie witał sprzymierzeńca, rozpoczął się przegląd wojsk sprzymierzonych (...). Podczas uroczystości wywiązała się strzelanina, w której zabity został Philipp, książę Nassau.