wspomniany jest tam rycerz Andrzej z Morawicy oraz proboszcz z Morawicy o imieniu Świętek (1247–1253) – jest to również najstarsza wzmianka o parafii w Morawicy. W XIV wieku Toporczycy przenieśli swoją siedzibę do zamku Tenczyn, którego budowę rozpoczął w 1319 roku kasztelan krakowski Jan Nawój z Morawicy. Około 1408 roku kaplicę zamkową przekształcono w murowany kościół; wykorzystano do tego celu kamienie pochodzące z rozbiórki części zamku w Morawicy. W „Księdze uposażeń diecezji krakowskiej” (Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis, 1470–1480) Jana Długosza znajduje się informacja, że kościół w Morawicy, wzniesiony w 1408 roku, był „zbudowany z białego kamienia” (łac. ex albo lapide murata).
W XVII wieku wieś przeszła w ręce Czartoryskich. W 1743 roku stary kościół rozebrano i na jego miejscu zbudowano obecny kościół ze środków przekazanych przez Augusta Aleksandra Czartoryskiego. Od połowy XIX wieku Morawica była własnością rodu Potockich, którzy przed II wojną światową sprzedali dobra w Morawicy Andrzejowi Jaworowskiemu.