Pierwotnie do III ligi miały być relegowane 4 drużyny, zmieniło się to jednak w związku z fuzją Lecha Poznań i Amiki Wronki po sezonie 2005/2006.
Tabela
||rowspan=8|
Lider kolejka po kolejce
Baraże o II ligę Po zakończeniu sezonu II i III ligi rozegrano dwumecze barażowe o 4 miejsca w drugiej klasie rozgrywkowej w sezonie 2006/2007 między zespołami z miejsc 13–16 II ligi i wicemistrzami grup III ligi: 12. drużyna II ligi i wicemistrz III ligi grupy IV – HEKO Czermno i Stal Stalowa Wola 13. drużyna II ligi i wicemistrz III ligi grupy I – Podbeskidzie Bielsko-Biała i Pelikan Łowicz 14. drużyna II ligi i wicemistrz III ligi grupy III – Radomiak Radom i Odra Opole 15. drużyna II ligi i wicemistrz III ligi grupy II – Polonia Bytom i Unia Janikowo.
Miejsca na drugim poziomie ligowym nie utrzymały HEKO i Radomiak.
Wynik dwumeczu – 2:2, zwycięstwo Stali dzięki bramce zdobytej na wyjeździe.
Wynik dwumeczu – 6:3 dla Podbeskidzia.
Wynik dwumeczu – 2:2, zwycięstwo Odry w rzutach karnych.
Wynik dwumeczu – 1:0 dla Polonii.