W roku 1593 Zofia Tarnowska ufundowała na pagórku zwanym Niedźwiedzią Górą modrzewiowy kościół pw. św. Mikołaja jako wotum za powrót braci polskich do katolicyzmu dzięki kazaniom księdza Piotra Skargi. W 1598 za zgodą biskupa krakowskiego kościół otrzymał uposażenie i stał się filią parafii Rzochów w dekanacie mieleckim, posiadając własnego duszpasterza zależnego od parafii macierzystej. W 1619 kościół został konsekrowany przez biskupa Waleriana Lubienieckiego. Z 1602 pochodzi pierwsza wzmianka o szkole parafialnej, a z 1728 o szpitalu dla ubogich. Po pożarze kościoła z 1876 wybudowano staraniem ks. Józefa Grabowskiego nowy, murowany kościół, konsekrowany przez Ignacego Łobosa, biskupa tarnowskiego. W 1925 biskup Leon Wałęga erygował samodzielną parafię.
W czasie okupacji niemieckiej teren Niwisk przekształcono w poligon SS TruppenÜbungsPlatz Heidelager z siedzibą w Pustkowie. W sąsiedniej wsi Blizna Niemcy dokonywali prób z bronią rakietową V-1 i V-2. W związku z czym poligonem zainteresowali się członków wywiadu Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich. Proboszcz Jan Kurek, kapelan Armii Krajowej, mieszkający po wysiedleniu z Niwisk w miejscowości Hucisko, przewoził do Komendy Obwodu AK w Kolbuszowej części broni V zdobytej przez partyzantów. Stamtąd trafiała do Warszawy i Londynu.