z tych ostatnich 92% gatunków to endemity. Ze ssaków występują na przykład małpy marmozeta złotogłowa (Leontopithecus chrysomelas), marmozeta czarnolica (L. caissara), marmozeta lwia (L. rosalia) i marmozeta czarna (L. chrysopygus) oraz muriki szary (Brachyteles arachnoides), z innych np. leniwiec grzywiasty (Bradypus torquatus).
Awifauna BirdLife International wyróżnia na obszarze lasów atlantyckich dwie ostoje Endemic Bird Area, w których zawierają się liczne ostoje ptaków IBA. Do gatunków endemicznych dla obszaru EBA „Atlantic forest lowland” należą m.in. przedstawiciele monotypowych rodzajów – papuga malachitka (Triclaria malachitacea), piłodziobek (Ramphodon naevius), złotopiór trójpalczasty (Jacamaralcyon tridactyla), koralonóżek (Acrobatornis fonsecai), terkotnik (Clibanornis dendrocolaptoides), cieślik (Cichlocolaptes leucophrus), śliniacznik (Biatas nigropectus), kropiatek (Psilorhamphus guttatus), dwa gatunki z rodzaju Merulaxis i bławatniczek (Calyptura cristata). W części górzystej – mniej zdegradowanej – większość endemitów to ptaki leśne, z wyjątkiem trzęsiogona długosternego (Cinclodes pabsti), zamieszkującego skalistą sawannę, oraz ziarnojadka czarnobrzuchego (Sporophila melanogaster), preferującego zakrzewienia i mokradła.