Pierwsza wzmianka o wsi Obora pochodzi z 1295 roku, gdy król Przemysł II odnowił przywileje nadane klaryskom gnieźnieńskim, obejmujące m.in. tę wieś. W XIV–XVI wieku Obora należała głównie do zakonu klarysek, choć część sołectwa była w rękach prywatnych – m.in. rodziny Zagajewskich herbu Ogończyk. W XVIII wieku miejscowość została przekształcona w domenę rządową przez władze pruskie.

W XIX wieku właścicielami majątku byli m.in. Wilhelm Bussmann i jego żona Ludwika z Góreckich. Ich córka, Paulina Ludwika, wyszła za Juliana Piotra Zabłockiego herbu Łada. Pod rządami rodziny Zabłockich majątek uzyskał status “dóbr rycerskich” i liczył blisko 350 ha powierzchni.

W 1880 roku majątek został sprzedany po subhaście i najprawdopodobniej trafił w ręce niemieckie, a następnie został rozparcelowany przez Komisję Kolonizacyjną. W okresie międzywojennym istniała tu cegielnia parowa, wiatrak, warsztat kołodziejski i karczma. W 1930 roku wieś liczyła 432 mieszkańców.

W czasie okupacji niemieckiej (1939–1945) wieś nosiła nazwę Hermannsruh, a następnie Schipplicksruh. Po II wojnie światowej na bazie pozostałości folwarku utworzono Państwowe Gospodarstwo Rolne (PGR), które funkcjonowało do początku lat 90. XX wieku.