Inicjacja seksualna 14-letniego monarchy odbiła się niekorzystnie na jego relacji z żoną, prawdopodobnie wzmacniając jeszcze jego mizoginię.
Dnia 16 maju 1616 małżonkowie odbyli uroczysty wjazd (entrée solennelle) do Paryża, jednak Anna Austriaczka – jako czwarta nowożytna władczyni francuska po Marii Stuart, Ludwice Lotaryńskiej i Małgorzacie Walezjuszce – nigdy nie została koronowana na królową Francji. Do roku 1617, w którym Ludwik XIII wyzwolił się spod wpływu matki, Anna Austriaczka, chociaż była tzw. królową królującą (reine régnante), czyli żoną aktualnie panującego władcy, ustępowała pierwszeństwa królowej wdowie Marii Medycejskiej.
thumb|200px|Żeton portretowy Anny jako regentki z lat 1643–1646 Małżeństwo z królem trwało ponad 27 lat, ale pierwsze dziecko narodziło się dopiero po prawie 23 latach związku. W tym czasie Anna była odsunięta od rządów i nie miała wpływu na męża, pozostając kolejno w cieniu teściowej, faworyta męża i kardynała Richelieu. Była zamieszana we wszystkie spiski przeciwko pierwszemu ministrowi, uchodząc jednak za „pokazowy przykład niewinnej ofiary tyranii kardynała”.